Amanipodagrion gilliesi hiện đang là loài cực kỳ nguy cấp do môi trường sống của nó bị phá hủy và suy thoái. Khu rừng ở độ cao thấp trên khắp Đông Phi gần như đã bị phá hủy hoàn toàn, chủ yếu là để chuyển đổi sang đất nông nghiệp. Một vài khu rừng còn lại của dãy núi đông Usambara, nơi loài này được tìm thấy đang chịu áp lực đáng kể.[2] Phân quần thể sinh sống chính của loài chuồn chuồn kim này sống tương đối an toàn trong Khu bảo tồn rừng Amani-Sigi, bất kỳ phân quần thể nào khác trong vùng lân cận đều đã bị tuyệt chủng hoặc có thể trên bờ vực tuyệt chủng do sự xâm lấn của con người, nạn phá rừng và ô nhiễm nguồn nước. Ngoài ra, quần thể được bảo vệ dẫn đến sự tồn tại tương đối bấp bênh, ước tính chỉ có khoảng 250 cá thể trưởng thành.